после этого система с HDD не грузиться ни в какую, только с помощью флешки
Если судить по вашему описанию - у меня аналогичная ситуация.
На оригинальном HDD - было 4 раздела (на 4-м Linux). Удалил 3 первых, сделал 3 новых (Acronis), установил WinXP с флашки по инструкции (встала гладко), но XP грузится только при наличии вставленной флашки. Работать можно, но неудобно.
Пробовал редактирование boot.ini, восстановление MBR средствами Wiondows (также с помощью всевозможных инструкций приведенных в Инете), восстанавливал оригинальный MBR из оригинального образа диска - безрезультатно.
Помогло полное удаление всех оригинальных разделов на оригинальном диске и переустановил Windows.
Теперь XP стал грузится с жесткого диска.
Значит проблема была в наличии раздела с Linux-ом который мне все равно не был нужен - я его не удалил (но Linux-ом все равно не стал бы пользоваться)ю
Надеюсь кому-нибудь это поможет. Удачи